ด่านศุลกากรจันทบุรี เป็นด่านศุลกากรทางทะเลด้านอ่าวไทย ในอดีตเป็น “ด่านเก็บภาษี ” ขึ้นอยู่กับมณฑลจันทบุรี สังกัดกรมสรรพากร กระทรวงพระคลังมหาสมบัติ จนกระทั่งเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2463 ได้มีการโอนด่านเก็บภาษีในมณฑลจันทบุรีทั้งหมดจากกรมสรรพากรมาขึ้นอยู่กับกรมศุลกากร ตั้งแต่นั้นมา “ด่านเก็บภาษีจันทบุรี” จึงสังกัดกรมศุลกากร ต่อมาได้ตั้งขึ้นเป็น “ด่านศุลกากรจันทบุรี” ตามกฎกระทรวงพระคลังมหาสมบัติลงวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2474 โดยเป็นด่านฝากอำเภอเมืองจันทบุรี ซึ่งมีนายอำเภอเมืองจันทบุรีทำหน้าที่นายด่านศุลกากรโดยตำแหน่ง ภายหลังได้มีกฎกระทรวงการคลัง ลงวันที่ 21 ตุลาคม 2481 ตั้งขึ้นเป็น “ด่านศุลกากรท่าแฉลบ” แต่ก็ยังคงฝากอำเภอเมืองจันทบุรี จนกระทั่งปี พ.ศ. 2493 กรมศุลกากรได้สร้างที่ทำการด่านศุลกากรท่าแฉลบขึ้นเป็นอาคารไม้ชั้นเดียว ปลูกยื่นลงไปในน้ำริมคลองท่าแฉลบ พร้อมกับตั้งเจ้าหน้าที่ศุลกากรไปปฏิบัติหน้าที่นายด่านศุลกากรท่าแฉลบ ต่อมาที่ทำการชำรุด ทรุดโทรมมาก กรมศุลกากรจึงได้ย้ายมาสร้างใหม่บนชายฝั่งที่ตำบลบางกะจะ อำเภอเมือง จังหวัดจันทบุรีและยังคงอยู่จนถึงปัจจุบัน แต่มีสภาพชำรุดทรุดโทรมเช่นกัน