ต่อมาภายหลังการขนส่งสินค้านำเข้าและส่งออกทางทะเลด้านจังหวัดจันทบุรี ลดน้อยลงจนไม่มีการขนส่งอีกเลย เส้นทางการค้าได้ปรับเปลี่ยนมาทางด้านชายแดนทางบก ที่มีอาณาเขตติดต่อกับประเทศกัมพูชา มีการติดต่อค้าขายและขนส่งสินค้านำเข้าส่งออกระหว่างกันเพิ่มปริมาณมากขึ้น เป็นลำดับ กรมศุลกากรได้เล็งเห็นถึงความสำคัญในอันที่จะช่วยส่งเสริมให้การค้าชายแดนด้านนี้ เป็นไปด้วยความสะดวกรวดเร็ว เพิ่มปริมาณมากขึ้น ประกอบกับสภาพที่ทำการด่านศุลกากรท่าแฉลบ ได้ชำรุดทรุดโทรมเป็นอันมาก จึงได้ขอรับจัดสรรเงินงบประมาณเพื่อสร้างอาคารที่ทำการใหม่ บนเส้นทางหลวงแผ่นดินหมายเลข 317 สายจันทบุรี – สระแก้ว บริเวณหลักกิโลเมตรที่ 13 – 14 บ้านทุ่งด่าน ตำบลปัถวี อำเภอมะขาม จังหวัดจันทบุรี โดยเปลี่ยนเป็นชื่อด่านศุลกากรจันทบุรีตามกฎกระทรวงการคลัง ฉบับที่ 125 พ.ศ. 2542 ลงวันที่ 23 เดือนกันยายน พ.ศ. 2542 โดยมีรายนามนายด่านศุลกากรจันทบุรีจนถึงปัจจุบัน ดังนี้

               อนึ่ง ด่านศุลกากรจันทบุรี ณ.ปัจจุบันคงไม่มีโอกาสเกิดขึ้นได้เลย ถ้าจังหวัดพระตะบองยังคงเป็นดินแดนของประเทศไทยอยู่ ด้วยเนื่องจากประเทศไทย ได้ออกกฎกระทรวงการคลังจัดตั้งด่านศุลกากร ในจังหวัดพระตะบองถึง 3 แห่ง ดังนี้ : -

               1. ด่านศุลกากรพระตะบอง จังหวัดพระตะบองตั้งขึ้นวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2484 ตามกฎกระทรวงการคลัง ฉบับที่ 6 ออกตามความใน พ.ร.บ. ศุลกากร (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2480 ลงวันที่ 1 กันยายน พ. ศ. 2484 ยุบเลิก วันที่ 21 ธันวาคม พ. ศ. 2489 ตามกฎกระทรวงการคลัง ฉบับที่ 14 ออกตามความใน พ.ร.บ. ศุลกากร (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2480 ลง วันที่ 21 ธันวาคม พ.ศ. 2489

               2. ด่านศุลกากรอธึกเทวเดช จังหวัดพระตะบอง ตั้งขึ้นวันที่ 6 ธันวาคม 2484 ตามกฎกระทรวงฉบับที่ 7 ออกตามความใน พ.ร.บ. ศุลกากร (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2480 ลง วันที่ 6 ธันวาคม พ. ศ. 2484 ยุบเลิกพร้อมด่านศุลกากรพระตะบอง

               3. ด่านศุลกากรวัณนภากาศ จังหวัดพระตะบอง ตั้งขึ้นวันที่ 17 ธันวาคม พ.ศ. 2486 ตามกฎกระทรวงการคลัง ฉบับที่ 11 ออกตามความใน พ.ร.บ.ศุลกากร (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2480 ลงวันที่ 17 ธันวาคม พ. ศ. 2480 ยุบเลิกพร้อมด่านศุลกากรพระตะบอง