ด่านศุลกากรจันทบุรี เป็นหน่วยงานในสังกัด สำนักงานศุลกากรภาคที่ 1 กรมศุลกากร ซึ่งเป็นด่านศุลกากรเพียงแห่งเดียวที่อยู่ในเขตจังหวัดจันทบุรี ดังนั้น หน้าที่ความรับผิดชอบ จึงเปรียบเสมือนฐานะตัวแทนของกรมศุลกากรในเขตพื้นที่จังหวัดจันทบุรีทั้งหมด ดังนี้

               1. ตรวจสอบการนำเข้า และส่งออกสินค้าเพื่อดำเนินการด้านพิธีการศุลกากร ให้เป็นไปตามที่กฎหมายกำหนด รวมทั้งจัดเก็บภาษีอากร
ให้เป็นไปตามเป้าหมาย

               2. ดำเนินการใดๆ อันเกี่ยวกับสินค้านำเข้าและส่งออกที่มีธุรกรรมใน ทางศุลกากร

               3. ตรวจตรา ควบคุม ดูแลการปฏิบัติงานในทางศุลกากรของด่านตรวจ จุดผ่านแดน รวมทั้งจุดผ่อนปรน ซึ่งอยู่ในเขตพื้นที่จังหวัดจันทบุรีให้เป็นไปตามแนวทางที่กฎหมายกำหนด

               4. ป้องกันปราบปรามการลักลอบและหลีกเลี่ยงหนีศุลกากรในเขตพื้นที่จังหวัดจันทบุรี รวมทั้งประชาสัมพันธ์ให้ประชาชนในเขตพื้นที่ทราบถึงผลกระทบในการลักลอบ หลีกเลี่ยงหนีศุลกากร

               5. ดำเนินการใดๆ ทางด้านการบริหารงาน การบริหารบุคลากร และการบริหารทรัพยากรของด่านศุลกากรจันทบุรี ให้เป็นไปตามแนวนโยบาย และแนวทางที่กฎหมายกำหนด